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    A-Modul 3206: Bioinformatik I - Angewandte Genomanalyse (Bin101)    
    Durchführung    

  • Vorlesung (Semesterbegleitend, 14.04.2010 - 23.07.2010)
    Mi 10-12 Hörsaal 6F

  • Praktikum (2 Wochen ganztägig, 26.07.2010 - 06.08.2010)
    09:15 - 10.00   theoretischer Hintergrund (Hörsaal 6F; auf Englisch)
    10:00 -   Übungen (im Rechenzentrum)

  • Die Klausur findet am letzten Praktikumstag statt!
    Veranstalter    

Prof. Dr. Martin und Dr. Dagan (Leitung)

Fragen und Kommentare bitte an Mayo Röttger
    Ziele    

Studierende sollen den selbständigen Umgang mit molekularen Sequenzen in einer Unix-Umgebung lernen. Absolventen des Praktikums sollen zum Schluß mit den wichtigsten biologischen Datenbanken vertraut sein sowie mit den gängigsten Methoden, die dort enthaltene Information lokal zu verarbeiten. Es wird fast ausschließlich mit kommandozeilen-orientierten Programmen wie emboss, phylip und clustal w gearbeitet, es werden aber keine praktischen Vorkenntnisse bzgl. des Umgangs in UNIX-Umgebungen vorausgesetzt. Nach einer kurzen Einführung und unter ständiger Betreuung versuchen Studierende durch das Durcharbeiten des sehr ausführlichen Skriptes einzeln am PC-Arbeitsplatz unter Linux die Algorithmen zu verstehen und das Erlernte durch das konkrete Lösen der Übungsaufgaben umzusetzen.


    Versuchsprogramm    

  Tage  ThemaEinführung
1. TagAllgemeines, Linux Befehle
2. TagLogin auf Gauss, Datenbanken, Datenbanksuche, Sequenzen bearbeiten
3. TagPairwise sequence alignment (Dotblot, Bewertungsmatrizen)
4. TagÄhnlichkeitsuche (blast-Suche, fasta)
5. TagMultiple Alignments
6. TagPhylogenetische Analysen (phylip, Bootstrapping)
7. TagMaximum Likelihood und Maximum Parsimony (phyml, protpars)
8. Taglogdet, neighbor-net, splitstree
9. TagOnline Tools, Wiederholung
10. TagKlausur

 
    Skript    

Ca. 100 Seiten plus Übungsaufgaben.    


 
    Veranstaltungshäufigkeit und Teilnehmerzahl    

Sommersemester, 67 Praktikumsplätze


    Aufnahmebedingungen    

Vordiplom, Vorlesung Bioinformatik I, Zentrale Platzvergabe