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A-Modul 3206: Bioinformatik I - Angewandte Genomanalyse (Bin101)
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Vorlesung (Semesterbegleitend, 14.04.2010 - 23.07.2010)
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Praktikum (2 Wochen ganztägig, 26.07.2010 - 06.08.2010)
| 09:15 - 10.00 | theoretischer Hintergrund (Hörsaal 6F; auf Englisch) |
| 10:00 - | Übungen (im Rechenzentrum) |
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Die Klausur findet am letzten Praktikumstag statt!
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Prof. Dr. Martin und Dr. Dagan (Leitung)
Fragen und Kommentare bitte an Mayo Röttger
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Studierende sollen den selbständigen Umgang mit molekularen Sequenzen in
einer Unix-Umgebung lernen. Absolventen des Praktikums sollen zum
Schluß mit den wichtigsten biologischen Datenbanken vertraut sein sowie mit
den gängigsten Methoden, die dort enthaltene Information lokal zu
verarbeiten. Es wird fast ausschließlich mit kommandozeilen-orientierten
Programmen wie emboss,
phylip und
clustal w gearbeitet, es
werden aber keine praktischen Vorkenntnisse bzgl. des Umgangs in
UNIX-Umgebungen vorausgesetzt. Nach einer kurzen Einführung und unter
ständiger Betreuung versuchen Studierende durch das Durcharbeiten des sehr
ausführlichen Skriptes einzeln am PC-Arbeitsplatz unter Linux die
Algorithmen zu verstehen und das Erlernte durch das konkrete Lösen der
Übungsaufgaben umzusetzen.
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| Tage | Thema | Einführung |
| 1. Tag | Allgemeines, Linux Befehle |  |
| 2. Tag | Login auf Gauss, Datenbanken, Datenbanksuche, Sequenzen bearbeiten |  |
| 3. Tag | Pairwise sequence alignment (Dotblot, Bewertungsmatrizen) |  |
| 4. Tag | Ähnlichkeitsuche (blast-Suche, fasta) |  |
| 5. Tag | Multiple Alignments |  |
| 6. Tag | Phylogenetische Analysen (phylip, Bootstrapping) |  |
| 7. Tag | Maximum Likelihood und Maximum Parsimony (phyml, protpars) |  |
| 8. Tag | logdet, neighbor-net, splitstree |  |
| 9. Tag | Online Tools, Wiederholung | |
| 10. Tag | Klausur | |
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Ca. 100 Seiten plus Übungsaufgaben.  |
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Veranstaltungshäufigkeit und Teilnehmerzahl
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Sommersemester, 67 Praktikumsplätze
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Vordiplom, Vorlesung Bioinformatik I, Zentrale Platzvergabe
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